Pramení pod vrchem Můstkem v hlavním šumavském hřebenu poblíže Železné Rudy. Teče jihovýchodním směrem zhruba souběžně se státní hranicí a pod vrchem Křemelná u Čeňkovi pily se spojuje s Vydrou v Otavu. Plocha povodí měří 172 km2. Sjížděný úsek je dlouhý necelých 16 km.

Křemelná je prudká říčka, plná ostrých zákrutů, kaskád a dalších nebezpečných míst. Její řečiště tvoří dno hlubokého, místy lesnatého údolí.